进入21世纪已有近20年，在人们已忘记了妖怪存在的现代。科学无法解明的现象频发，流言飞语散布各处，大人们只能疲于奔命。希望想办法解决这一情况而写信给妖怪信箱的13岁少女·真奈的面前，随着咔哒咔哒的木屐响声，鬼太郎来到了…。